CRKVA je očekivala da će, po oslobađanju zemlje od okupacije, moći slobodno i nesmetano da obavlja svoju vekovnu službu i misiju i da krene u saniranje teških posledica ratnog stradanja. Zato, po oslobođenju Beograda i istočnih delova zemlje, a pošto je teklo oslobađanje i drugih krajeva, Sveti arhijerejski sinod 31. oktobra 1944. izdaje akt sa uputstvima sveštenstvu iz oslobođenih krajeva. Pozvani su svi arhijereji i sve sveštenstvo, sa vernim narodom, koji su izbegli u Srbiju, da se vraćaju u svoja sedišta, parohije i sela, i to odmah "čim se koji kraj bude oslobodio, čim se uspostavi saobraćaj i stvore druge podesne mogućnosti".

I kroz ovaj akt Sinod odaje priznanje oslobodiocima i poziva sveštenstvo i verni narod da se svom snagom uključi u obnovu zemlje. U aktu se, pored ostalog, kaže: "Klanjajući se svima pobijenim i namučenim nevinim žrtvama, kao i žrtvama junačkih boraca bratskog ruskog naroda i naših junaka rodoljuba, koji padoše u borbi, radujmo se pobedi časnog krsta i slobodi zlatnoj. Vraćajmo se na naša stara ognjišta i pristupimo najiskrenije i najvernije radu na obnovi zemlje i narodnog blagostanja..."

MEĐUTIM, veoma brzo se pokazalo da očekivanja Crkve nisu u saglasju s namerama novih državnih vlasti. Videće se to i po jednom dopisu, odgovoru na zahtev iz Crkve da se omogući povratak sveštenika na ranije parohije u Vojvodini. U tom aktu, koji je 18. novembra 1944. upućen Svetom arhijerejskom sinodu, s potpisom poverenika unutrašnjih poslova, tada pukovnika a ranije sveštenika, Vlade Zečevića, se kaže: "Sveštenoslužitelji, koje nameravate vratiti na njihove ranije parohije i dužnosti, ili drugim crkvenim - službenim poslom putuju, treba prethodno da se jave Prijavnom odseku Komande grada Beograda, da dobiju dozvole za odlazak." U dopisu se napominje da "pravo putovanja i potpore vlasti neće moći dobiti i uživati lica koja su se, bilo službom u Srbiji ili u Vojvodini - ogrešila o interese naroda".

A državne vlasti su te koje će proceniti da li se neko ogrešio i kako se ogrešio "o interese naroda".

NAREDBA Svetog arhijerejskog sinoda od 31. oktobra 1944. godine o vraćanju arhijereja i sveštenika na oslobođena područja nailazila je na prepreke i na ometanja, pa Sinod 19. marta 1945. piše Predsedništvu Vlade DFJ: "U mnogim mestima Makedonije, Bosne, Hercegovine i Dalmacije pa i Crne Gore naša pravoslavna pastva je bez sveštenika i Sveti arhijerejski sinod nije u mogućnosti da izađe u susret molbama i duhovnim potrebama svojih vernih. U krajeve Bosne, Hercegovine i Dalmacije, pa i Crne Gore ne može se otići zbog teškoća saobraćaja. Odlazak, pak, i ostanak u Makedoniji, kako arhijerejima, tako sveštenstvu, pa i narodu ne odobravaju, zabranjuju ili otežavaju tamošnje nadležne vlasti..."

Tog dana Sveti arhijerejski sinod uputio je pismo Predsedništvu Vlade DFJ, s namerom da utiče na smirivanje prilika u društvu, odnosno da nove vlasti ne nastupaju osvetnički prema onima koje doživljavaju kao političke protivnike.

U JEDNOM pismu skreće se pažnja na taj obračun, pa se kaže: "No, dok rat zahteva svoje žrtve, kod nas na oslobođenoj teritoriji padaju i dalje glave kao posledica odmazde i nad onima koji ili se nisu snašli u opštoj pomutnji i izvršili svoju građansku dužnost u punoj meri ili nikako, ili je zbog opšte pometnje i okrutnih stega okupatorskih nisu bili kadri da izvrše. Među ovima je i znatan broj sirotinje, koja je ostala bez ikakvog pravog vođstva i koja se u tom metežu vijala i snalazila utoliko da sačuva go život, a koja u duši svojoj nije izgubila onu pravu veru u veliku budućnost srpskoga naroda..."

U drugom pismu Sinod piše da su Srpskoj crkvi "uvek teško padale sve nemile pojave u našem narodu, a naročito međusobno gloženje, međusobno istrebljenje, krvoproliće i proganjanje". Zato je nada da po završetku rata može doći do prestanka bratskih razmimoilaženja, obnavljanja bratske sloge, prestanka prolivanja bratske krvi i međusobnog, štetnog nepravičnog progona pojačana donošenjem odluke o amnestiji.

MEĐUTIM, Sinod je došao do saznanja da "odluku o amnestiji pojedini državni organi na razne načine u izvesnim slučajevima tumače i suviše oštro primenjuju". Iz tog razloga "crkvena vlada" moli Predsedništvo Vlade DFJ za intervenciju da sve vlasti "u svim slučajevima postupanja i suđenja postupaju blagorazumno, ispituju i sude u duhu miroljubivosti i potpuno ispune odluku o amnestiji".

Crkva jeste prihvatila novu realnost, ali je nastavila da pokazuje i izvesne rezerve prema novoj državnoj vlasti.

Za vreme rata izvedena je - revolucija. Došlo je do uspostavljanja novog državnog poretka i nove državne organizacije. Na Drugom zasedanju AVNOJ-a u Jajcu, 29. novembra 1943. godine, ovo veće se konstituisalo u "vrhovno zakonodavno i izvršno predstavničko telo Jugoslavije, kao vrhovni predstavnik suvereniteta naroda i države Jugoslavije" i uspostavilo "Nacionalni komitet oslobođenja Jugoslavije (NKOJ) kao organ, sa svim obeležjima narodne vlade, preko kojega će Antifašističko veće narodnog oslobođenja Jugoslavije ostvariti svoju izvršnu funkciju". Istovremeno, doneta je odluka da se Vladi koja se nalazila u izbeglištvu oduzmu sva prava da predstavlja narode Jugoslavije.

STAV Svetog arhijerejskog sinoda SPC bio je da je Deklaracija AVNOJ-a doneta u Jajcu "jednostran pravni akt koji međunarodno nije priznat", pa je smatrao da su oblik državnog uređenja i suverena vlast države i dalje onakvi kakvi su bili i pre rata. Takođe, s obzirom na to da nije nikakvim pravnim aktom promenjen dotadašnji pravni odnos SPC i države, Sinod je "smatrao da i nova državna vlast stoji prema Srpskoj pravoslavnoj crkvi u istim onim obavezama, zato je tražio od države da ona "sve obaveze prema Crkvi i izvršava".

Međutim, nova država odbijala je da prizna obaveze stare države prema Crkvi.

U IZVEŠTAJU za prvo redovno posleratno zasedanje Svetog arhijerejskog sabora, Sinod sa žaljenjem konstatuje da je Crkva od početka, od novih državnih vlasti, smatrana kao protivnik novog poretka i tekovina narodnooslobodilačke borbe, pa se "činilo sve i sva, da se njezin uticaj na javni život potpuno isključi i politički onemogući".

Prvih poratnih godina nastojalo se da se Crkva iskoristi u političke svrhe. Tako su jerej Milan Smiljanić, koji je postavljen za ministra poljoprivrede Srbije, i bivši ban Dobrica Matković nagovarali mitropolita Josifa da se primi članstva u Kraljevskom namesništvu. Htelo se da se Crkva, sa svojim ugledom, iskoristi za utemeljenje komunističkog režima i za njegovo međunarodno priznanje.