ZAKONOM o Srpskoj pravoslavnoj crkvi iz 1929. godine i Ustavom Srpske pravoslavne crkve iz 1931. godine bili su regulisani odnosi između Crkve i države. Članom 278. Ustava Srpske pravoslavne crkve kao glavni državni organ koji je spona između Crkve i države bilo je označeno Ministarstvo pravde.

S obzirom na takvo tadašnje rešenje, po proglašenju Ustava Srpske pravoslavne crkve, pri Ministarstvu pravde obrazovan je poseban verski odsek, koji se bavio svim načelnim pitanjima i poslovima koji se tiču odnosa Crkve i države, sem prosvetnih poslova koji su spadali u nadležnost Ministarstva prosvete.

MEĐUTIM, pri kraju prve ratne (1941) godine, na zahtev okupacionih vlasti, kako je zvanično saopšteno Svetom arhijerejskom sinodu, odstupilo se od takve zakonske odredbe, pa su poslovi verske uprave iz Ministarstva pravde preneti u Ministarstvo prosvete, pod obrazloženjem da je to "u interesu jedinstvenog uređenja svih kulturnih pitanja".

Na kraju rata, odlukom Predsedništva Avnoja od 13. februara 1945. godine (Službeni list DFJ, br. 4) ukinuti su svi pravni propisi doneti od strane okupatora i njegovih pomagača. Tako je Crkva ostala bez sigurne adrese na koju može da se obrati radi regulisanja odnosa sa državom.

Iz tog razloga, Sveti arhijerejski sinod, u martu 1945. godine, Predsedništvu Vlade DFJ upućuje dopis kojim moli da se pri Ministarstvu pravde obrazuje verski odsek, koji će, kao i ranije, rukovoditi poslovima verske uprave.

IZ VLADE ("po ovlašćenju predsednika Ministarskog saveta") stigao je odgovor da "ovo pitanje može biti rešeno tek kada se reši načelno pitanje: kakav će biti odnos crkve i države u Demokratskoj Federativnoj Jugoslaviji". Zatim se kaže da bi rešenje samo pojedinačnih pitanja iz te oblasti moglo biti "nezgodno", jer bi se "pre zauzimanja jednog principijelnog stava mogla doneti različita rešenja po pitanjima koja su istog karaktera". I još se napominje, da u tom pogledu, "ne može biti odlučujuće pozivanje na to kakav je bio odnos crkve i države pre rata".

Država je sada imala svoj, drugačiji plan. Da bi nove komunističke vlasti imale što bolji uvid i kontrolu nad verskim zajednicama, Predsedništvo Ministarskog saveta DFJ donelo je Uredbu o osnivanju Državne komisije za verska pitanja. Uredba je objavljena u Službenom listu DFJ, br. 62, od 21. avgusta 1945. godine. U potpisu, predsednik Ministarskog saveta i ministar narodne odbrane, maršal Jugoslavije Josip Broz - Tito, sr.

U ČLANU 1. ove uredbe navedeno je da u delokrug Državne komisije spada: "proučavanje svih pitanja koja se tiču spoljašnjeg života verskih zajednica, njihovih međuverskih odnosa i položaja crkava prema državi i narodnim vlastima, kao i pripremanje materijala za zakonodavno rešavanje odnosa između verskih zajednica i države; davanje mišljenja i predloga po svim konkretnim pitanjima iz odnosa verskih zajednica i države, do konačnog regulisanja tih odnosa putem zakonodavstva; staranje o sprovođenju u život i pravilnoj primeni svih zakonskih propisa, koji se odnose na uređenje međuverskih odnosa i odnosa crkve i države".

Ovom uredbom se ustanovljava da se pri predsedništvima zemaljskih vlada formiraju zemaljske komisije za verska pitanja, koje će raditi po uputstvima Državne komisije.

Državna komisija za verska pitanja za svoj rad bila je direktno odgovorna samom osnivaču - Predsedništvu, odnosno predsedniku Ministarskog saveta Josipu Brozu Titu. Kasnije ona je bila pod ingerencijom Saveznog izvršnog veća (SIV).

DONOŠENjEM Zakona o pravnom položaju verskih zajednica 1953. godine, doneta je nova Uredba o Saveznoj komisiji za verska pitanja; ona je postala, pre svega, političko-savetodavni organ SIV-a za poslove odnosa države i "verskih zajednica". U delokrug njenih poslova spadalo je: proučavanje pitanja koja se tiču uređenja odnosa između države i Crkve i priprema materijala za zakonsko regulisanje tih odnosa, davanje mišljenja i predloga po konkretnim pitanjima iz oblasti odnosa države i Crkve, saradnja sa ostalim državnim organima oko pravilnog sprovođenja Zakona o pravnom položaju verskih zajednica i slično.

Preko Verske komisije budno se pratio rad crkava i verskih zajednica. A najviše pažnje posvećivano je Srpskoj pravoslavnoj crkvi.

U Crnoj Gori, pri Predsedništvu CASNO-a (Crnogorske antifašističke skupštine narodnog oslobođenja), još krajem 1944. godine osnovana je Verska komisija. Ostalo je zapisano da je ona 31. januara 1945. godine, "u duhu narodnih potreba", postavljala i premeštala sveštenike u Crnoj Gori. Na poziv Verske komisije, na svešteničkoj skupštini u Nikšiću 14. i 15. juna 1945. godine, osnovano je svešteničko udruženje. A upravo od tog udruženja, po završetku Drugog svetskog rata, dolazile su najveće smetnje obnovi crkvenog života u Crnoj Gori.

USLED takvog odnosa prema Crkvi, krajem te 1945. godine, Sveti arhijerejski sinod zatražio je od Predsedništva Savezne vlade da se u Crnoj Gori spreči i onemogući nepozvano uplitanje Verske komisije u delokrug zakonitih crkvenih vlasti i da se ovima na taj način omogući redovan i zakoniti rad.

Ustavom FNRJ od 31. januara 1946. godine definisani su novi odnosi u društvu, pored ostalog, time što je Crkva odvojena od države i što je formalno građanima zajemčena sloboda savesti i veroispovesti.

Međutim, i pre kao i posle donošenja Ustava FNRJ, Svetom arhijerejskom sinodu gotovo svakodnevno su stizala mnogobrojna dokumenta, iz kojih se vidi da je Srpska crkva stavljena na Krst raspeća. Zato, Sveti arhijerejski sinod gotovo sa svake sednice upućuje pismene zahteve Državnoj komisiji za verska pitanja za zaštitu svojih prava. Ali, Crkva je upućivana da svoje primedbe i zahteve upućuje preko Verske komisije.

VERSKA komisija je bila adresa na koju se Crkva obraćala sa svim svojim zahtevima, predlozima i obaveštavanjima prema državi. A onda je Verska komisija, ako nije sama "rešavala" i ako je nalazila za shodno, to prosleđivala nadležnim državnim organima. Posredstvom Verske komisije "kanalisani" su odnosi i u samoj Crkvi; jer, bar u početku, nisu primani akti ukoliko nisu bili potpisani od patrijarha. Na taj način, s državne strane, istican je autoritet patrijarha. I to je, s njene strane, imalo svoj smisao, jer je država, u to komunističko doba, direktno uticala na izbor dvojice patrijaraha (Vikentija i Germana).

I pored toga, mnoge predstavke iz Crkve upućene na državnu adresu ostale su prećutane. Stručnjak za crkveno pravo Dimšo Perić, definišući ulogu Verske komisije, rekao je da je ona bila "policija nad SPC".